راکتور همزن‌دار بیهوازی (Continuous stirred-tank reactor-CSTR):
این نوع از راکتورها شامل مخزنی با میکسر جهت جلوگیری از ته‌نشین شدن میکروارگانیسم‌ها است که به طور پیوسته جریان فاضلاب به آن وارد و از آن خارج میشود. در مقایسه با سایر پیکربندی‌ها، سیستم CSTR پارامترهای سیستمی یکنواخت تری را فراهم می‌کنند که این پارامترها شامل دما، اختلاط، غلظت مواد شیمیایی و سوبسترا است.
از جمله معایب این سیستم‌ها خروج توده میکروبی به همراه خروج پساب است که باعث افزایش زمان ماند مورد نیاز میشود. نحوه تنظیم دبی به گونه‌ا‌ی است که فاضلاب به مدت 20 تا 30 روز در راکتور باقی‌بماند تا تولید متان و تثبیت COD به طور کامل انجام شود. در صورت حضور میکروارگانیسم‌های گرما دوست زمان ماند در این سیستم‌ها میتواند کاهش یابد.
همچنین عمل اختلاط میتواند به صورت پیوسته یا متناوب انجام شود. در برخی موارد میتوان از چند تانک برای عملیات هضم استفاده کرد. در این صورت فرایند اسیدی‌سازی در یک مخزن و فرایند تبدیل اسیدهای میانی و تولید متان در تانک دیگر صورت می‌گیرد. وجود میکروارگانیسم‌ها با غلظت %3-%6 باعث بهبود راندمان هضم میشود.
